El protocolo es cerrado y Microsoft ha hecho dos intentos para bloquear a terceros clientes. Sin embargo los algoritmos han sufrido ingeniería inversa.

Cada versión de MSN Messenger que ha sido lanzada ha tenido enteramente como objetivo a los usuarios del sistema Windows, dejando a los usuarios del sistema Mac OSX, con un cliente limitado (llamado Microsoft Messenger for Mac), permitiéndoles solo chatear con usuarios de MSN pero sin formas adicionales de interactuar (por ejemplo, la cámara web). Algunos creen que esta es una forma de forzar a los usuarios de Macintosh a usar Windows.

A últimas fechas, la Unidad de negocios de Microsoft para Mac, ha prometido que futuras versiones incluirán dicha característica, aunque no precisa cuándo ocurrirá eso. Cabe destacar que la actual versión de Messenger para Mac (7.0.1) ya soporta videoconferencia, pero únicamente para los usuarios corporativos, que usan el sistema Office Communications Server 2007 a nivel empresa.

Los usuarios de GNU/Linux han sido dejados aún más al margen, necesitando software de terceros para iniciar una sesión y acceder a su perfil almacenado en los servidores de MSN Messenger.

MSN Messenger contiene una barra de publicidad y que los otros programas de MI (Gaim, Trillian, etc.) no contienen. Algunos críticos consideran la interfaz sobrecargada, sin opciones de configurarla a no ser que utilices software de terceros.Como críticas favorables, el MSN Messenger es el servicio de mensajería instantánea con más usuarios en el mundo. En su nueva versión permite además agregar contactos de correos Yahoo!.